امام خمینی، از نظر عرفان عملی نیز اندیشه هایی والا و تفکرات ارزشمندی داشت و کتاب مصباح الهدایه الی الخلافه والولایه از جمله آثار قلمی آن انسان سترگ در عرصه عرفان است که استاد سید جلال الدین آشتیانی در معرفی آن چنین می نگارد: «یکی از آثار نفیس در مبحث نبوت و ولایت به طریقه محققان از عرفا و کمل از حکمای اسلامی رساله «مصباح الهدایه الی الخلافه والولایه » اثر سید سادات و اماجد العرفاء والفقها قدوه الحکماء المتالهین استاد محقق در حکمت متعالیه، مرحوم مبرور حضرت امام خمینی سقی الله تربته می باشد، مرحوم امام خمینی کتاب سرالصلوه که به حق اثری است بی نظیر و شرح دعاء السحر و اثر حاضر را به زبان عرفان تصنیف فرموده اند . . . مصنف همه جا به لسان خواص از عرفا با عبارات پرمعنا سخن می گوید و سعی فرموده که اثر خود را از صورت رساله در حلیات کتاب مبسوط در نیاورد و از تعرض به مسایل غیرنافع احتراز نموده است . . .» (34)